En bref : oui, un médecin, un kinésithérapeute, un infirmier libéral, une sage-femme ou un dentiste sont concernés par la facturation électronique, malgré l’exonération de TVA de leurs actes de soins. La confusion la plus fréquente consiste à croire que « pas de TVA = pas de réforme » : c’est faux. Vous restez un assujetti à la TVA (simplement exonéré), et à ce titre vous devrez être capable de recevoir une facture électronique de vos fournisseurs dès le 1er septembre 2026. Concrètement, il vous faut vous raccorder à une Plateforme Agréée : un plan gratuit comme celui d’Indy suffit, et il gère en prime votre comptabilité BNC et votre 2035. La transmission des données de vos honoraires (e-reporting) relève de la seconde échéance, en septembre 2027.
« Je ne facture pas la TVA, donc la réforme ne me concerne pas. » C’est la phrase que se disent la plupart des professionnels de santé libéraux, et c’est la plus coûteuse. L’exonération de TVA des actes médicaux ne vous met pas hors du champ de la facturation électronique : elle vous y laisse pleinement, avec une échéance de réception fixée au 1er septembre 2026 par la loi de finances pour 2026, confirmée sur le portail officiel de l’économie. Voici pourquoi, et surtout quoi faire.
Un médecin, un kiné ou un infirmier sont-ils vraiment concernés ?
Oui. La réforme de la facturation électronique s’applique à tous les assujettis à la TVA établis en France, et le statut d’assujetti ne dépend pas de savoir si vous facturez de la TVA, mais de savoir si vous exercez une activité économique indépendante. Un professionnel de santé libéral coche cette case.
Il faut distinguer deux notions que l’on confond en permanence :
- Assujetti exonéré : vous réalisez une activité économique (vos soins), mais la loi exonère ces actes de TVA au titre de l’article 261, 4-1° du Code général des impôts. Vous êtes assujetti, sans facturer de TVA.
- Non-assujetti : un particulier, une personne qui n’exerce aucune activité économique. Vous n’êtes pas dans cette catégorie.
Cette distinction n’est pas un détail de vocabulaire : c’est elle qui vous fait entrer dans la réforme. Un assujetti, même exonéré, doit pouvoir recevoir les factures électroniques que ses fournisseurs professionnels lui adresseront à partir de septembre 2026.
Retenez la règle en une phrase : la facturation électronique suit le statut d’assujetti, pas le fait de collecter ou non de la TVA. Exonéré ne veut pas dire exclu.
Pourquoi l’exonération de TVA ne vous sort pas de la réforme
Le raisonnement qui égare tant de soignants vient d’une bonne intuition mal appliquée. Il est exact que vos honoraires de soins ne portent pas de TVA. Il est faux d’en déduire que vous êtes invisible pour le dispositif.
La preuve tient à un mécanisme tout bête : vos fournisseurs, eux, sont pour la plupart de grandes entreprises assujetties et redevables (grossistes en matériel médical, éditeurs de logiciels métier, bailleurs de votre cabinet, opérateurs télécoms, sociétés de matériel de rééducation). À partir du 1er septembre 2026, ces fournisseurs basculent en émission électronique. Leurs factures ne vous arriveront plus par e-mail en PDF : elles seront déposées sur une plateforme, et pour les recevoir, il faut y être raccordé.
Une facture que vous n’êtes pas en mesure de recevoir, c’est une charge que vous ne comptabilisez pas, et donc une dépense professionnelle qui n’apparaît pas dans votre 2035. Le risque, pour une profession médicale, n’est pas l’amende (elle vise l’émission, qui arrive plus tard), c’est de perdre la traçabilité de ses achats au pire moment de l’année, la déclaration.
Deux situations fiscales coexistent chez les soignants, et les deux sont concernées :
| Votre situation | Ce que ça change pour la TVA | Concerné par la réception 2026 ? |
|---|---|---|
| Actes de soins exonérés (art. 261) : médecin, kiné, infirmier, sage-femme, dentiste | Aucune TVA sur les soins | Oui |
| Franchise en base de TVA (activités accessoires sous les seuils) | Pas de TVA facturée tant que sous les seuils | Oui |
Autrement dit, quelle que soit la raison pour laquelle vous ne facturez pas de TVA, vous devez être prêt à recevoir en septembre 2026.
Ce que vous devez faire avant le 1er septembre 2026
Une seule chose est réellement obligatoire à cette date : être raccordé à une Plateforme Agréée (PA, l’ancien nom PDP), c’est-à-dire un opérateur immatriculé par la DGFiP capable de recevoir vos factures fournisseurs au format électronique. La liste officielle des plateformes agréées est publiée sur impots.gouv.fr : c’est le seul document qui fait foi.
Le choix dépend de votre organisation, et il est plus simple qu’il n’y paraît :
| Votre profil | Outil à privilégier | Coût pour être conforme |
|---|---|---|
| Praticien libéral seul, en BNC (médecin, kiné, infirmier…) | Indy | 0 € (facturation gratuite, conformité incluse) |
| Vous travaillez déjà avec un expert-comptable | Tiime | Gratuit |
| Cabinet de groupe avec salariés et gestion à centraliser | Solution de gestion complète | Selon la structure |
Pour un professionnel de santé exerçant en libéral, l’outil le plus naturel est celui qui parle déjà le langage du BNC : Indy est immatriculée Plateforme Agréée, sa facturation est gratuite, et elle automatise en plus la comptabilité de recettes et la déclaration 2035 que vous remplissez chaque printemps. Vous réglez la conformité 2026 et vous allégez votre compta d’un même geste, sans carte bleue.
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Si vous êtes déjà accompagné par un expert-comptable, inutile de changer vos habitudes : Tiime est également immatriculée Plateforme Agréée, sa facturation est gratuite, et elle transmet tout à votre cabinet sans ressaisie.
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Vos honoraires patients : e-reporting, pas facture électronique
C’est la partie qui inquiète à tort. Vos patients sont des particuliers, et une facture électronique ne s’échange qu’entre professionnels assujettis. Vous n’allez donc pas « envoyer une facture électronique » à chaque patient.
Ce qui s’applique à vos honoraires, c’est l’e-reporting : la transmission à l’administration des seules données de vos encaissements, sans envoi de facture individuelle. Cette obligation ne démarre pas en 2026, mais à la seconde échéance, le 1er septembre 2027, en même temps que l’obligation d’émission pour les TPE, PME et micro-entreprises. Notre calendrier définitif 2026-2027 reprend chaque date.
Concrètement, vous n’avez aucune démarche technique à faire : une Plateforme Agréée génère et transmet l’e-reporting à partir de vos recettes, automatiquement. La seule chose à vérifier, c’est que votre outil sache le faire : la plupart des cartes vitales des logiciels de tiers-payant ne sont pas, en elles-mêmes, des Plateformes Agréées. Le périmètre exact de l’e-reporting appliqué à des actes exonérés dépend de la nature de vos honoraires ; pour les cas particuliers, votre AGA ou votre expert-comptable reste l’interlocuteur qui tranche, et l’actualité officielle de service-public.fr fait référence.
Le cas des activités accessoires taxables
Beaucoup de professionnels de santé ont, à côté des soins exonérés, une activité accessoire qui, elle, n’est pas exonérée : formation dispensée à des confrères, expertise médicale pour un assureur ou un tribunal, médecine du travail facturée à une entreprise, vente de produits, location d’un cabinet à un remplaçant, animation de conférences.
Ces prestations-là, lorsqu’elles sont rendues à un autre professionnel assujetti (une entreprise, un cabinet, un assureur), constituent des transactions B2B classiques : elles entrent dans le champ de la facture électronique à l’émission, à partir de septembre 2027. C’est souvent la seule partie de votre activité qui produira de vraies factures électroniques sortantes.
La bonne nouvelle : un outil comme Indy ou Tiime gère indifféremment les deux mondes. Vos recettes de soins partent en e-reporting, vos factures d’expertise ou de formation partent en facture électronique, sans que vous ayez à trier vous-même. C’est précisément ce qui distingue un logiciel immatriculé Plateforme Agréée d’un simple carnet de recettes.
Quel logiciel pour une profession médicale libérale ?
Le réflexe à avoir n’est pas de chercher « un logiciel de facturation » mais « un logiciel de compta BNC qui soit aussi Plateforme Agréée ». Vous couvrez ainsi la réforme et votre déclaration annuelle avec le même outil.
- Indy : le plus adapté au praticien libéral seul. Facturation électronique gratuite, comptabilité de recettes et déclaration 2035 automatisées, application mobile complète. Immatriculée Plateforme Agréée, donc conforme de bout en bout sans intermédiaire. Notre avis complet sur Indy détaille ses limites.
- Tiime : le bon calcul si vous avez un expert-comptable. Facturation gratuite, compte pro inclus, et transmission sans ressaisie au cabinet. Également immatriculée Plateforme Agréée.
Pour aller plus loin sur votre statut (la profession médicale relève des bénéfices non commerciaux), notre guide dédié aux professions libérales et à la facturation électronique en BNC creuse les points communs à tous les indépendants soumis à la déclaration contrôlée.
Conclusion
Un professionnel de santé n’échappe pas à la facturation électronique : son exonération de TVA ne concerne que le calcul de l’impôt, pas le dispositif. L’action urgente tient en une ligne : se raccorder à une Plateforme Agréée avant le 1er septembre 2026 pour pouvoir recevoir ses factures fournisseurs, et elle ne coûte rien à un praticien libéral, puisque les plans gratuits d’Indy et de Tiime sont immatriculés Plateformes Agréées. L’e-reporting de vos honoraires, lui, attend 2027 et se gérera tout seul depuis le même outil.
Le meilleur moment pour cocher la première case, c’est cette semaine. Identifiez l’outil fait pour votre situation dans notre comparatif des meilleurs logiciels de facturation électronique 2026, et suivez le rétroplanning de la checklist semaine par semaine.
FAQ
Un médecin ou un kiné exonéré de TVA doit-il vraiment se mettre à la facturation électronique ?
Oui. L’exonération de TVA des actes de soins (article 261, 4-1° du CGI) ne retire pas le statut d’assujetti. Or la réforme s’applique à tous les assujettis établis en France, exonérés compris. Vous devez donc être en mesure de recevoir les factures électroniques de vos fournisseurs dès le 1er septembre 2026, en vous raccordant à une Plateforme Agréée.
Dois-je envoyer une facture électronique à mes patients ?
Non. Vos patients sont des particuliers, et la facture électronique ne s’échange qu’entre professionnels assujettis. Vos honoraires relèvent de l’e-reporting, c’est-à-dire de la transmission des seules données de recettes à l’administration, sans facture individuelle. Cette obligation démarre au 1er septembre 2027 et se fait automatiquement via une Plateforme Agréée.
Mon logiciel de tiers-payant ou ma carte Vitale suffisent-ils à être conforme ?
Pas nécessairement. Un logiciel de télétransmission des feuilles de soins n’est pas, en lui-même, une Plateforme Agréée par la DGFiP. Vérifiez le statut de votre éditeur sur la liste officielle d’impots.gouv.fr, et à défaut, adossez-vous à une Plateforme Agréée gratuite comme Indy ou Tiime pour la partie facturation et e-reporting.
Quel logiciel gratuit choisir quand on est infirmier ou kiné libéral ?
Indy est le plus adapté aux professions libérales en BNC : sa facturation électronique est gratuite, il est immatriculé Plateforme Agréée, et il automatise en plus votre comptabilité de recettes et votre déclaration 2035. Tiime est la meilleure option si vous travaillez déjà avec un expert-comptable, car il lui transmet tout sans ressaisie.
La franchise en base de TVA me dispense-t-elle de la réforme ?
Non, pas plus que l’exonération. La franchise en base vous dispense de collecter la TVA sous certains seuils, mais pas de respecter la facturation électronique. Un professionnel de santé en franchise ou exonéré doit pouvoir recevoir des factures électroniques dès le 1er septembre 2026. Un plan gratuit immatriculé Plateforme Agréée suffit à se mettre en règle.